根据《"十四五"国家医学中心及国家区域医疗中心设置规划》（国卫医发〔2021〕36号）和《国家医学中心和国家区域医疗中心设置实施方案》（国卫办医函〔2019〕45号），对照《国家中西医结合医学中心设置标准》，经研究，国家卫生健康委决定以中日友好医院为主体设置国家中西医结合医学中心。

中日友好医院作为国家中西医结合医学中心主体医院，负责医学中心日常运行和管理，并投入一定的工作经费和专门人员，确保医学中心按职责任务开展相关工作。落实国家医学中心相应职责任务，带动全国中西医结合领域建设与发展。